中心实行管理委员会领导下的中心主任负责制，中心主任执行管委会制定的发展规划、经营方针，全面负责中心的工程技术研发、经营管理等重大事项。中心设主任一人，副主任五人，内设综合管理部、工程技术设计研发部、中间试验产业开发部、市场经营技术服务部等四个部门。　

主  任：赵书红  华中农业大学教授、国家杰出青年基金获得者

副主任：杨利国  华中农业大学教授

副主任：雷明刚  华中农业大学教授

副主任：梅书棋  湖北省农业科学院研究员

副主任：何启盖 华中农业大学教授

副主任：周  全  华中农业大学副处级干部
综合管理部：
　  处理中心的日常事务，协调各部门间的关系及对外的联络；负责中心的财务管理、人事管理、资产管理及档案管理等。
　  综合管理部主任：周　全　　华中农业大学副处级干部
　  综合管理部副主任：彭先文　湖北省农业科学院研究员
　  综合管理部副主任：刘小磊　华中农业大学副研究员
工程技术设计研发部：
　   负责家畜，特别是猪、牛、羊新品种（系）的选育与杂交配套研究，系列饲料产品研发与营养调控研究，规模化、自动化、智能化新型养殖配套技术研究，疫病监控与净化技术，环境调控与粪污无害化处理与资源化利用等工程化技术研究和系列新产品的研制与开发；引进技术及设备的消化、吸收和创新，畜舍建筑和技术改造项目的设计开发、工艺及环境设备配套，为产业开发部提供系列化中试产品和工程化配套技术。
　  工程技术设计研究部主任：杨利国　　华中农业大学教授
　  工程技术设计研究部副主任：左　波　华中农业大学教授
　  工程技术设计研究部副主任：张安定　华中农业大学教授
中间试验产业开发部：
　  组织规模化养殖工程技术和产品的中间试验、进行组装、配套、现场验证试验及批量生产部分中试产品，为市场经营部提供成熟的工程化技术和产品。
　  中间试验产业开发部主任：梅书棋　　湖北省农业科学院研究员
　  中间试验产业开发部副主任：何启盖　华中农业大学教授
　  中间试验产业开发部副主任：任竹青　华中农业大学教授
市场经营技术服务部：
　  负责市场开发与调查，技术经济分析、市场策划、技术产品经营销售以及信息收集、反馈和售后服务；开展科技咨询、技术培训及国内外合作交流，承担有关产品检测分析任务，组织工程化研究项目的技术经济评估；负责饲料厂产学研与运营工作等。
　  市场经营技术服务部主任：雷明刚　　华中农业大学教授
　  市场经营技术服务部副主任：刘望宏　华中农业大学高级畜牧师
　  
　
　　中心各部门凝心聚力、各司其职，保障中心实现科研创新和成果转化的功能。各部门根据中心发展需要，制订发展战略规划，建立按需设岗、竞争择优、动态更新的用人机制，严格规范财务管理制度，为中心的跨越式发展提供科学、高效的制度保障；组织协调国家重大研发任务的申报与过程管理，为中心的内涵式发展提供技术保障；本着“科研面向生产，加速成果转化”的原则，建立中心、依托单位和企业之间利益共享、风险共担的产学研合作机制，为中心的可持续发展提供组织保障。