2013年2月27日，国家科技部下发《关于国家工程技术研究中心第四次运行评估结果的通知》，国家油菜工程技术研究中心在评估优秀组中名列第一，国家家畜工程技术研究中心获评估良好。此次评估从解决国家重大战略需求、集聚优秀创新人才和资源、提高工程化和产业化能力、加强行业服务和开放共享、创新完善运行管理机制等方面对中心进行考核，共134家工程技术中心参加评估，其中评估“优秀”28个、“良好”39个、“一般”54个、“问题较多”13个。

国家油菜工程技术研究中心作为油菜种质资源生物学创新的牵头单位，始终坚持协同创新的发展思路，以国家重大需求为导向，围绕我国油菜产业发展面临的瓶颈问题，重点进行油菜产业关键共性技术的研究、中试熟化、工程化组装集成示范与成果转化、推广应用。通过中心人才、资源、设施以及学科的整合，提升创新能力和竞争能力，有效地促进了油菜产业的健康可持续发展，服务“三农”。

为加强工程中心运行管理，促进中心的良性竞争发展，科技部将对本次运行评估结果优秀和良好的工程中心予以表彰，并通过国家科技支撑计划项目等方式给予滚动支持，对评估结果问题较多的工程中心提出警告或撤销称号。