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算法革新助力我国猪基因组选择育种
时间:2018-04-13

  草长莺飞,春暖花开的四月,全国畜牧站在武汉华农业大学召开了全国猪基因组选择2018年第二次工作会。全国畜牧杨红处长主持会瑶生、勤、赵书红等15位家老参加此次会。会重点是各团队展示各自开的猪基因组选择算法。

  在2018年第一次上,站建团队进行基于SSBLUP方法的算法交流。中国农业大学,农业大学,中国农业科学院北京畜牧医研究所和江西农业大学四个团队参与了此次算法的最展示。

  中国农业大学丁向副研究算法交流技首先展示了算法交流数据的模情况,重要参数估以及各团队果准确度,示各团队果在准确性方面极其相似,不存在问题。而后,丁向副研究员继续勤教授团队的算法,团队采用ASREML传统方差分估实现准的SSBLUP算法,并合Intel MKL函数库进行高性能并行算加速,算效率提升著。

  刘小磊副研究农业大学赵书红教授团队的算法,团队自主开了基因组选择育种程序包,涵盖了目前已表的SSBLUP准算法和近似算法,并提出了一种全新的算法设计,不需要基于基因型数据构建的亲缘关系矩阵进行求逆,著降低了算复度,尤其适用于基因芯片多的大数据分析。此外,团队结合Intel MKL函数进行了高性能计算优化,自主开发的程序可整合系和基因型信息的双性状10万个体大数据进行方差分估,相比国上已表的同类软件有著的算效率优势

  王立副研究展示了中国农业科学院畜牧医研究所王立研究员团队的算法。团队实现了SSBLUP准算法,并尝试将用于构建亲缘关系矩的基因型标记进行了筛选重,从而针对特定性状提高算效率和预测准确度。

  张志燕副教授展示了江西农业大学黄路生院士团队的算法。团队采用SSBLUP近似算法,通过计算效率极高的迭代算法求解混合模型方程式,采用MPI、Intel MKL函数行并行算加速,著地提高了算效率。

  此次算法交流展示,各团队身手,团队充分交流,取各家之全国猪基因组选择平台搭建最算法。通此次交流,年术专家大受鼓舞,均表示将以此契机,再接再,在技方面争取更大突破,在国出响亮的中国声音!

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